fa طراحی پروتئین نوترکیب حاوی اپی توپ های محافظت شده آنتی‌ژن هماگلوتینین ویروس آنفولانزای سویه های H1N1 و H5N1 با استفاده از روش‌های بیوانفورماتیک تخصصي Special پژوهشي Research <strong><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">مقدمه:</span></span></strong><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> درسال های اخیر و با توجه به پیشرفت های انجام شده درحوزه بیوانفورماتیک، طراحی واکسن آنفولانزا دستخوش پیشرفت های قابل ملاحظه ای شده است. هدف از این مطالعه طراحی یک پروتئین نوترکیب چندظرفیتی برمبنای اپی توپ&nbsp; بسیار محافظت شده پروتئین هماگلوتینین سویه‌های </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:9.0pt;">H1N1</span></span></span><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> و </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:9.0pt;">H5N1</span></span></span><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> است که در طی زمان دچار تغییر و موتاسیون نمی شوند. </span></span><br> <strong><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">روش کار: </span></span></strong><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">برای این منظور و با توجه به مطالعات میدانی قبلی توالی سویه‌های مورد نظر بررسی شد و اپی‌توپ‌هایی از این سویه‌ها انتخاب شدند.پس از بررسی خصوصیات ایمنی زائی و شیمیائی اپی توپ های انتخاب شده توسط سرور های مناسب،‌ ساختاراولیه پروتئین نوترکیب تعیین شد و متعاقب ترجمه معکوس توالی فوق ، بهینه‌سازی کدون انجام شد و در نهایت توالی بهینه شده در درون وکتور </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:9.0pt;">PET32a+</span></span></span><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> و دربین دو ناحیه آنزیمی&nbsp; </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:9.0pt;">BamHI/XhoI</span></span></span><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> قرارداده شد. </span></span><br> <strong><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">نتایج:</span></span></strong><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> نتایج بدست آمده نشان داد که پروتئین نوترکیب حاصله دراین مطالعه دارای وزن ملکولی </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:9.0pt;">22451.72 g/mol</span></span></span><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> با </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:9.0pt;">214</span></span></span><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> اسید آمینه می باشد. </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:9.0pt;">pH</span></span></span><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> ایزوالکتریک پروتئین فوق 25/7 و میزان حلالیت آن درسیستم پروکاریوتی 100 درصد است. ضریب خاموشی ساختار فوق نیز به میزان </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:9.0pt;">&nbsp;M^-1cm^-1</span></span></span><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> 60170 تعیین شد. در نهایت و پس ازبهینه سازی کدون، شاخص انطباق کدون ( </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:9.0pt;">CAI</span></span></span><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">)پروتئین نیز به میزان 95/0محاسبه گردید.</span></span><br> <strong><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">نتیجه‌گیری:</span></span></strong><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> در نهایت وباتوجه به داده‌های فوق پیش‌بینی می‌شود که ساختار چند اپی توپی طراحی شده دراین مطالعه که دارای خصوصیات ایمونولوژیکی منحصر بفرد و قابل قبولی است را می‌توان با موفقیت و به میزان قابل قبولی درسیستم پروکاریوتی بیان نمود و جهت مطالعات ایمنی زائی برعلیه ویروس آنفولانزای </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:9.0pt;">A</span></span></span><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> مورداستفاده قرار داد.</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:9.0pt;"></span></span></span> <strong>Introduction</strong><strong>:</strong> According to marked advances in bioinformatics studies, development of influenza vaccines has been greatly modified in many studies. In this study, we have designed a multi-epitope recombinant protein, consisting of several conserved epitopes from Hemagglutinin protein of the H1N1 and H5N1 strains of Influenza virus by immunoinformatics approaches.<br> <strong>Materials and Methods</strong><strong>:</strong> The registered sequences of hemagglutinin proteins from H1N1 and H5N1 strains have been analyzed and selected epitopes have been chosen and directed for further analysis. After investigation of immunological and physicochemical parameters, the selected regions were fused together by linkers and sequence of target constructs was determined following codon optimization. The target construct has been integrated into BamHI/XhoI cleavage sites of PET32a+ expression vector.<br> <strong>Results</strong><strong>:</strong> A physicochemical analysis revealed that the designed recombinant protein has 214 amino acid with molecular weight of 22.451 kDa. The isoelectric point was determined as 7.25 , solubility of 100% and&nbsp; Extinction coefficient of 60170 M^-1cm^-1.finally, after codon optimization, the <em>Codon Adaptation Index</em>&nbsp;(CAI) was calculated as 0.95.<br> <strong>Discussion</strong><strong>:</strong> According to these results, it has been predicted that designed multiepitop recombinant protein has reasonable and unique immunological properties. The expressed protein could be used for future immunological studies against <em>type A influenza</em> virus ویروس آنفولانزا, ایمونوانفورماتیک, هماگلوتینین, مولتی اپی‌توپ Influenza Virus, Immunoinformatics, Hemagglutinin, Multi-epitope 395 404 http://aums.abzums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1034-2&slc_lang=fa&sid=1 Farnaz Moghaddam فرناز مقدم 10031947532846006629 10031947532846006629 No Department of Immunology, Shahid Sadoughi University of Medical Science, Yazd, Iran گروه ایمونولوژی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی شهید صدوقی یزد Morteza Taghizadeh مرتضی تقی‌زاده طرنابی 10031947532846006630 10031947532846006630 No Department of Research and Development, Razi Vaccine and Serum Research Institute (RVSRI), Karaj, Iran گروه تحقیق و توسعه، موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، سازمان تحقیقات آموزش و ترویج کشاورزی، کرج Reza Mansouri رضا منصوری Rmansouri@ssu.ac.ir 10031947532846006631 10031947532846006631 No Department of Immunology, Shahid Sadoughi University of Medical Science, Yazd, Iran گروه ایمونولوژی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی شهید صدوقی یزد مجید تبیانیان majidtebianian@gmail.com 10031947532846006632 10031947532846006632 Yes Department of Research and Development, Razi Vaccine and Serum Research Institute (RVSRI), Karaj, Iran گروه تحقیق و توسعه، موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، سازمان تحقیقات آموزش و ترویج کشاورزی، کرج Mehran Dabaghian مهران دباغیان 10031947532846006633 10031947532846006633 No Department of Research and Development, Razi Vaccine and Serum Research Institute (RVSRI), Karaj, Iran گروه تحقیق و توسعه، موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، سازمان تحقیقات آموزش و ترویج کشاورزی، کرج