آلا امیری، فرزانه فیرزوزه، محمد زیبایی، ایمان سلحشوری فر،
دوره ۹، شماره ۳ - ( ۴-۱۳۹۹ )
چکیده
مقدمه: از موضوعات مهم پژوهش‌ها در زمینه‌های مولکولی و مهندسی ژنتیک، استفاده از روش‌های بهینه در استخراج محتوای ژنومی میکروارگانیسم‌ها و سلول‌ها است که با استفاده از آن بتوان با صرف کمترین زمان و هزینه، به بیشترین مقدار و مناسب‌ترین خلوص دست‌یافت. روش‌های متعددی در راستای استخراج DNA باکتری‌ها وجود دارد که از روش‌های نوین جداسازی اسید نوکلئیک می‌توان به استفاده از نانو ذرات مغناطیسی اشاره نمود. هدف از این مطالعه، مقایسه دو روش استخراج DNA از باکتری اشریشیا کلای با دو تکنیک فنل - کلروفرم و استفاده از نانو ذرات مغناطیسی است.
روش بررسی: در این مطالعه از باکتری اشریشیا کلای سویه ۲۵۹۲۲ATCC جهت مقایسه دو روش استخراج DNA ژنومی استفاده گردید. جهت استخراج DNA ژنومی از روش فنل-کلروفرم و نیز تکنیک استفاده از نانو ذرات مغناطیسی با بکارگیری نانوذره دولایه SiO۲/Fe۳O۴ استفاده گردید. هر دو محصول به‌دست‌آمده جهت سنجش جذب نوری با دستگاه نانودرآپ قرائت و سپس از طریق روش الکتروفورز روی ژل آگارز بررسی گردیدند.
نتایج: در بررسی میزان جذب نوری با استفاده از دستگاه نانودرآپ میزان غلظت DNA استخراج‌شده با روش فنل- کلروفرم ۴/۷۶۱ میکروگرم بر میلی‌لیتر و با استفاده از تکنیک استخراج با نانو ذرات مغناطیسی ۵۳۱ میکروگرم بر میلی‌لیتر به دست آمد.
نتیجه‌گیری: با توجه به نتایج به‌دست‌آمده و با مقایسه جذب‌های نوری دو محصول و نیز ارزیابی مقایسه‌ای با گروه‌های کنترل در استخراج به روش نانو ذرات مغناطیسی و نیز با مقایسه فاکتورهای مختلفی نظیر میزان زمان موردنیاز، هزینه‌ها، کاربری آسان می‌توان نتیجه گرفت که به دلیل زمانبر و خطرآفرین بودن روش فنل - کلروفرم، روش استفاده از نانو ذرات مغناطیسی یک روش مناسب برای استخراج محتوی ژنومی است.
حدیثه رستمی، فرزانه فیروزه، محمد زیبایی، ایمان سلحشوری فر، علی سبحانی نسب، وجیهه سادات نیک بین،
دوره ۱۲، شماره ۱ - ( ۸-۱۴۰۱ )
چکیده
زمینه و هدف: جدا کردن DNA ژنومی از سلول‍های باکتریایی از جمله فرایندهایی است که به طور معمول در اکثر آزمایشگاه‌های بیولوژیک انجام می‌گیرد، لذا برای آن روش‌های گوناگونی ارائه شده است. در این مطالعه از دو روش فنل و کلروفرم، و استفاده از نانوذرات مغناطیسی در جهت استخراجDNA ژنومی باکتری استافیلوکوکوس اورئوس استفاده شده است.
مواد و روش ها: در مطالعه حاضر از باکتری استافیلوکوکوس اورئوس سویه استاندارد به شماره ATCC ۲۵۹۲۳ استفاده گردید. جهت استخراج DNA ژنومی از دو روش فنل-کلروفرم و استخراج به وسیله نانوذرات مغناطیسی استفاده شد. جهت بررسی کیفیت و غلظت DNA استخراج شده با دو روش فوق از دستگاه نانودراپ و روش الکتروفورز روی ژل آگارز استفاده گردید.
یافته‌ها: بررسی غلظت DNA استخراج شده در هر دو روش، توسط نانودراپ انجام شد که غلظت DNA استخراج شده در روش فنل-کلروفرم و استفاده از نانوذرات مغناطیسی Fe۳O۴/SiO۲ به ترتیب ۴/۵۵۰ و ۶/۱۳۱ میکروگرم بر میلی لیتر به دست آمد.
بحث و نتیجه گیری: از یافته‌های این تحقیق می‌توان نتیجه گرفت که با توجه به دیواره ضخیم باکتری استافیلوکوکوس اورئوس، استخراج DNA ژنومی به وسیله نانوذرات مغناطیسی Fe۳O۴/SiO۲ دارای غلظت و خلوصی قابل قبول برای انجام پروسه های مولکولی مانند PCR است و می‌تواند به عنوان جایگزین سایر روش های استخراج استفاده شود.
